Sebelum berdiri menjadi satu desa, awalnya Waitii hanya merupakan sebuah kampung/dusun yang dikepalai oleh Bapak La Ode Mansa sampai tahun 1976 dan masih menjadi bagian dari Desa Onemay wilayah II yang pada saat itu dikepalai oleh Bapak La Undu. Namun seiring dengan pertumbuhan dan perkembangan masyarakat maka pada tanggal 21 Mei 1976 Kampung/Dusun Waitii dimekarkan menjadi Desa dengan pejabat Kepala Desa oleh Bapak La Ode Baharuddin atas penunjukan dari pemerintah, dan pembagian wilayah menjadi 4 kampung yaitu :
Kampung Kollosoha yang dikepalai oleh La Ma’a
Kampung Waitii yang dikepalai oleh La Anisa
Kampung Lamanggau yang dikepalai oleh La Asina
Kampung Bontu-Bontu yang dikepalai oleh La Undu
Setelah La Ode Mansa, Desa Waitii dipimpin oleh La Jamhiri, La Undu, dan La Edi yang kurang lebih 8 Tahun, yang kesemuanya itu adalah hasil penunjukan dari pemerintah. Dengan adanya peraturan pemerintah yang menyatakan bahwa setiap pejabat kepala desa harus diangkat melalui pemilihan, maka pada tahun 1984 Desa Waitii melaksanakan pemilihan kepala desa untuk pertama kalinya, dan yang terpilih pada saat itu adalah Bapak La Edi dengan masa jabatan 6 tahun (1984-1989), kemudian dilanjutkan oleh Bapak La Tarawu selama 1 tahun (1989-1990). Dan untuk pemilihan kepala desa yang kedua terjadi pada tahun 1990, dan yang terpilih adalah Bapak La Madami (1990-1998). Pemilihan kepala desa yang ketiga pada tahun 1998 dimenangkan oleh Bapak La Basar (1998-2007).
Sedangkan pemekaran kampung/dusun menjadi desa terjadi mulai pada tahun 1990 yaitu Kampung Lamanggau menjadi Desa Lamanggau, tahun 1999 Kampung Watu dan Kampung Kollosoha menjadi Desa Waitii Barat, dan pada tahun 2006 Kampung Bontu-Bontu mekar menjadi Desa Teemoane.
Untuk pemilihan Kepala Desa yang keempat terjadi pada tahun 2007 dan pemilihan kelima tahun 2013, dimana pada pemilihan tersebut dimenangkan oleh Bapak Kamrosdin.